Au lendemain de la Guerre rachni, les Krogans entamèrent une période d'expansion agressive aux dépens de leurs voisins. Au cours des siècles suivants, les chefs de guerre profitèrent de la clémence du Conseil pour conquérir monde après monde, prétextant à chaque fois le besoin d'espace vital pour les membres de leur race. Lorsque le Conseil exigea enfin le retrait des troupes krogans de la colonie asari de Lusia, le chef suprême Kredak entra dans une rage noire et mit le Conseil au défi de reprendre les mondes sous occupation krogane.
Le Conseil n'avait cependant pas agi à la légère et avait déployé sur place une "force d'observation" constituée d'unités spéciales du GSI et de chasseresses asari, première mouture de ce qui deviendrait le ministère des Affaires Spéciales et Tactiques de Reconnaissance. Les premiers Spectres ouvrirent donc les hostilités par une série de frappes chirurgicales dont les effets furent dévastateurs : paralysie générale de la nation krogane due à une série d'attaques virales ciblées ; destruction de raffineries d'antimatière ; explosion des stations QG suite à des attaques suicides de vaisseaux transformés en bombes flottantes.Pour efficaces qu'elles fussent, ces attaques n'auraient fait que retarder l'inévitable sans intervention des Turiens, qui déclarèrent la guerre aux Krogans immédiatement après leur premier contact avec les forces conciliennes. Leur frappes initiales causèrent des pertes considérables, ce à quoi les Krogans répliquèrent en désorbitant les satellites de trois colonies turiennes.
Sans le savoir, les Krogans venaient de commettre une grave erreur : bien loin de saper le moral des Turiens, cette réponse brutale ne fit que renforcer leur détermination.
Les forces d'intervention turiennes sauvèrent de nombreux mondes du joug des Krogans, mais ce fut la création du génophage qui marqua le véritable tournant de la guerre. Au cours des décennies de troubles qui s'ensuivirent, de nombreux chefs de guerre refusèrent de rendre les armes ou sombrèrent dans la piraterie.